分子生物學(xué)主要研究具體生物大分子在某一生物學(xué)行為過(guò)程中的表達變化、功能和作用方式；主要涉及基因的表達調控、蛋白相互作用、信號分子間的交互對話(huà)等。分子生物學(xué)實(shí)驗常需要我們在具體實(shí)驗前對所關(guān)注的基因的一些基本信息、可能受哪些因素調控、與哪些分子可能存在潛在的相互作用，可能參與哪些生物學(xué)行為等進(jìn)行一些初步的判斷，然后根據這些信息，提出合理的實(shí)驗設計，并通過(guò)生物學(xué)實(shí)驗加以驗證。那么，如何獲得上面的這些信息，除了根據實(shí)驗結果提供的線(xiàn)索和深入研究相關(guān)文獻以外，還會(huì )用到一些分子生物學(xué)數據庫，尤其一些在線(xiàn)預測工具。下面從基因的基本信息獲取、表達調控的生物信息學(xué)預測和基因功能分析三方面來(lái)對常用的數據庫進(jìn)行簡(jiǎn)單的介紹。

基因基本信息的獲取

1、NCBI數據庫

NCBI（美國國家生物技術(shù)信息中心）由美國國立衛生研究員（NIH）于1988年創(chuàng )辦，創(chuàng )辦NCBI的初衷是為了給分子生物學(xué)家提供一個(gè)信息儲存和處理的系統，隨著(zhù)數據庫各種資源的涌現，現在已經(jīng)成為科研工作者的輔助工具了。通過(guò)這一數據庫，我們可以獲取某一基因的核酸或蛋白質(zhì)序列。

2、Genecards數據庫

除了NCBI這個(gè)經(jīng)典的數據庫外，具體研究中我們還常參考其他數據庫，重點(diǎn)介紹Genecards數據庫。GeneCards是一個(gè)可搜索的綜合數據庫，它自動(dòng)整合約一百多個(gè)網(wǎng)絡(luò )來(lái)源的基因的數據，包括基因組、轉錄學(xué)、蛋白生物學(xué)、遺傳、臨床和功能信息。它提供了各種其它數據庫的ID，點(diǎn)擊ID還能夠直接鏈接到想進(jìn)的數據庫，與什么疾病有關(guān)，與什么通路有關(guān)，基因的基因組學(xué)，染色體位置，蛋白質(zhì)基本信息結構域分析、基因功能分析等、相關(guān)的抗體、慢病毒、促進(jìn)劑、抑制劑、克隆產(chǎn)品，包括細胞系，各品牌的介紹，以及相關(guān)的文獻信息全面。由此可見(jiàn)，該數據庫是一個(gè)基因大全，通過(guò)這個(gè)數據庫我們幾乎可以獲取目標基因的所有信息。

基因表達調控分析

1、基因表達譜數據庫的查詢(xún)

了解基因的表達特征有助于分析其具體的表達調控機制，除了上述的Genecards數據庫里的資源之外，NCBI中GEO Profiles數據庫也可以初步了解目標基因在特定組織中的分布特征。除此之外，TCGA數據庫亦可以下載不同研究的具體組學(xué)數據。

2、轉錄因子結合位點(diǎn)分析

    研究基因的轉錄調控是基因從無(wú)到有，從少到多，或從多到少最為重要的調控方式，是闡明基因參與生物學(xué)功能的需要，同時(shí)也為其功能研究提供重要線(xiàn)索。對于某一具體基因，我們研究分析有哪些轉錄因子可能結合到該基因的上游而調控其表達。首先第一步通過(guò)NCBI Gene檢索該基因的基因組序列信息，在該基因的DNA信息中，我們可以得知該基因的范圍和mRNA序列，進(jìn)而獲取其轉錄起始位點(diǎn)、可變剪接等信息。轉錄起始點(diǎn)上游-1000bp的核酸序列，下游位置后移1000bp，獲取目的基因啟動(dòng)子序列后，進(jìn)行轉錄因子結合位點(diǎn)分析，推薦使用JASPAR數據庫，在搜索框中輸入啟動(dòng)子序列的FASTA格式序列，在左側選中所趕興趣的轉錄因子，點(diǎn)擊scan，就可以獲得潛在調控該基因的轉錄因子及其識別序列的信息。

3、啟動(dòng)子甲基化分析

   基因啟動(dòng)子甲基化是基因沉默的重要方式，且可隨細胞傳代而傳遞，在細胞分化、發(fā)育以及腫瘤演變中發(fā)揮重要作用。而CpG島的存在是發(fā)生甲基化的基礎，推薦尋找CpG島的在線(xiàn)分析軟件。

4、miRNA調控分析

    miRNA介導的轉錄后調控是指通過(guò)其種子序列與潛在的靶分子mRNA的3’UTR上的序列結合，抑制基因的翻譯或介導降解。眾多靶基因預測軟件中，targetscan是較為方便準確的工具，可以查找可能調控目標mRNA的候選miRNA，也可以查找關(guān)注miRNA的可能調控mRNA。

基因功能分析

1、蛋白質(zhì)在細胞內定位的預測

    蛋白質(zhì)在細胞內的定位對于研究蛋白質(zhì)的功能非常重要，蛋白質(zhì)可分布于細胞核、細胞質(zhì)或胞膜上，不同亞型不同定位提示具有不同功能。推薦一個(gè)用于蛋白質(zhì)定位預測的網(wǎng)站。

2、同源蛋白的搜索

    同源蛋白通常具有相似的功能，因此尋找某一基因對應的同源蛋白對了解該基因的功能非常有意義。通常思路是通過(guò)序列的比對推斷出這些分子的共同祖先，然后才認為他們可能具有相似的結構與功能。在NCBI網(wǎng)站中進(jìn)入BLAST主界面，進(jìn)行相關(guān)同源蛋白的搜索。

3、基貼因功能分類(lèi)

    我們研究過(guò)程中，通常需要對一個(gè)基因參與哪些生物學(xué)功能以及具體某個(gè)生物學(xué)功能都有哪些基因參與。這里推薦基因功能分類(lèi)網(wǎng)站GO網(wǎng)站。在上述基礎上，根據基因的gain-of-function和loss-of-function這些尋找基因功能的實(shí)驗學(xué)手段，結合生物信息學(xué)方法，提出科學(xué)的實(shí)驗思路和合理的實(shí)驗假說(shuō)。

各網(wǎng)站信息：