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    關(guān)于PCR,你知道多少? ----幾種特殊的PCR

    日期:2022-04-11瀏覽:1836次

    1、錨定PCR(anchored PCR) 

    通常采用的PCR反應必須知道欲擴增的DNA或RNA片段兩側的序列,而在大多數情況下對某些序列本身或其旁側序列并不清楚,“錨定PCR"可以幫助克服序列未知或序列*未知帶來(lái)的障礙。

    基本做法是:分離細胞總RNA或者mRNA,在反轉錄酶的作用下合成cDNA,通過(guò)DNA末端轉移酶在cDNA 3’末端加上poly(dG)尾巴。與此poly(dG)相對應的錨定引物poly(dC)為保證擴增特異性,建議此段旁聚(dC)在十二聚以上,5’端可帶上某些限制酶序列或其他序列信息。在與基因特異配對的引物參與下,可以擴增出此帶同源多聚物尾巴的cDNA序列。

    2、不對稱(chēng)PCR(asymmetric PCR) 

    典型的PCR反應產(chǎn)生一種特定的雙鏈DNA拷貝,不對稱(chēng)PCR可以利用引物濃度的差別,形成單鏈DNA,便于測序。一般采用50~100:1比例的引物濃度,在最初的10~15個(gè)循環(huán)中主要產(chǎn)物還是雙鏈DNA,但當低濃度引物被消耗盡時(shí),高濃度引物介導的PCR反應就會(huì )產(chǎn)生大量的單鏈DNA,分離此擴增產(chǎn)物中的ssDNA可用原引物或第三條內部引物直接測序。

    3、反向PCR(inverse PCR) 

    PCR反應允許擴的DNA片段位于已知序列的兩個(gè)引物之間。反向PCR的應用則可以對一個(gè)已知的DNA片段的兩側未知序列進(jìn)行擴增和研究。選擇已知序列內部沒(méi)有的限制性?xún)惹忻笇Υ硕蜠NA進(jìn)行酶切,連接成環(huán)狀DNA分子,選擇合適方向和已知序列兩末端互補的引物,經(jīng)PCR后,可以得到未知序列的DNA片段,用此方法可建立基因組步移文庫。

    4、多重PCR(multiplex PCR) 

    PCR技術(shù)的一個(gè)重要應用領(lǐng)域是檢測特定序列的存在或缺失。如果待檢測的基因片段存在,經(jīng)PCR可以產(chǎn)生擴增區帶,如果缺失則沒(méi)有擴增帶出現。在許多情況下需要檢測的基因十分龐大,有的可達數百上千kb。對此有人提出了多重PCR,即在同一個(gè)試管中加入多對引物,擴增同一模板的幾個(gè)區段。如果某一區段缺失則在相應的電泳圖譜上這一區帶就會(huì )消失。多重PCR和southern blotting 一樣可靠,但要簡(jiǎn)便的多。

    5、著(zhù)色互補PCR(color complementation assay) 

    著(zhù)色互補PCR又稱(chēng)熒光PCR,可用于區分長(cháng)短相近的多種基因成分。其原理是用不同的熒光染料,如紅色的羅丹明(POX)和綠色的熒光素(FAM)等分別標記于不同的寡核苷酸引物上,同時(shí)擴增多個(gè)DNA區段,反應完畢后,利用分子篩除去延伸的引物。用紫外線(xiàn)照射擴增產(chǎn)物,就能顯示某一種或幾種熒光染料顏色的組合,如果某一DNA區帶缺失,則會(huì )缺乏相應的顏色,據此可以很快診斷出是否某種基因缺失,或者發(fā)現某些感染的病毒。 


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